ABSTRACT
cDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can be re-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signal detection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types of plastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethylene plastic bag 69 μm thick had a strong shielding effect that blocked 68.7 percent of the radioactive signal. The shielding effect on transmittance decreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results. Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 μm thick) and polyethylene (29 and 7 μm thick) showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29 mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple check on their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.
Os arranjos de cDNA são uma poderosa ferramenta para o estudo de padrões de expressão gênica. Os arranjos em membranas de náilon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porém, um ponto bastante delicado em estudos de expressão gênica em larga escala é a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de náilon, a detecção dos sinais pode ser afetada pelo envoltório plástico utilizado para manter as membranas úmidas. Nesse estudo, nós avaliamos os efeitos de cinco tipos de plásticos na transmissão radioativa detectada, no número de genes com sinal acima da emissão de fundo e na variabilidade dos dados. O plástico produzido com polietileno com 69 μm de espessura apresentou uma forte interferência na emissão radioativa, bloqueando 68.7 por cento do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidade dos dados. Outros plásticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plásticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloreto de polivinila (ambos com 13 μm de espessura) e polietileno (29 e 7 μm de espessura) terem diferentes níveis de transmitância, todos apresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 μm de espessura foram os plásticos escolhidos devido à facilidade de manuseio. Para outros tipos de plásticos, é recomendável realizar um teste de suas performances antes de utilizá-los para envolver membranas de náilon, de forma a obter o máximo de informação dos experimentos com arranjos de cDNA.
ABSTRACT
A terapia fotodinâmica (TFD) é um promissor tratamento clínico que emprega a combinação de luz visível, oxigênio e uma substância fotossensibilizadora para tratar doenças de caráter oncológico. Esse tipo de tratamento induz a morte celular programada (apoptose) em tecido tumoral. No entanto, o mecanismo de indução de apoptose por TFD não está bem caracterizado. Muitos fotossensibilizadores possuem como alvo principal a mitocôndria. O tratamento com TFD causa danos nessa organela e induz a apoptose através da liberação de citocromo c, fator de indução de apoptose, Smac/DIABLO e certas pró-caspases. A liberação dessas proteínas, a partir da mitocôndria, é regulada por uma família de proteínas pró e antiapoptóticas, conhecida como família BCL-2. A proposta dessa minirrevisão é apresentar algumas publicações recentes que focalizam o envolvimento da mitocôndria em apoptose de células cancerígenas induzida por TFD.